医院始建于1957年，最初名为省复员建设军人精神病疗养院，1979年更名为省复员退伍军人精神病医院，1987年增挂“江苏省扬州五台山医院”院牌，并收治扬州市及周边地区的精神病患者。2004年，医院托管了扬州市第二人民医院的精神卫生部分，实现了扬州市周边区域精神卫生医疗资源的优化整合。2014年，为促进扬州市精神卫生事业发展，更好地为人民群众提供精神卫生服务，扬州市卫生局与医院达成精神卫生资源全面整合合作协议，在医院成立扬州市精神卫生防治中心。2016年，扬州市民政局与医院合作，通过购买服务的方式建立了扬州市福利精神病院，为“三无”和流浪乞讨精神病人提供托底保障。2024年，更名为扬州市精神病福利院。2024年底，医院由江苏省复员退伍军人精神病医院更名为江苏省第一荣军优抚医院。
　　 建院60多年来，医院的基础设施不断完善，规模功能和医疗服务水平显著提升。医院开设了抑郁症专病、儿童多动与学习困难专病、癫痫专病、眩晕专病、睡眠障碍专病、强迫症专病、老年记忆障碍专病、心理咨询与治疗、心理危机干预等特色服务项目，拥有64排螺旋CT、双能X线骨密度仪、视频脑电图仪、眼动检测系统、动态心电监测仪、生物反馈仪、MECT（无抽搐电休克治疗）、经颅磁刺激治疗仪、经颅电刺激治疗仪、肌电诱发电位仪、液相色谱串联质谱仪、全自动发药机系统及心理CT等一批功能齐全、较为先进的诊疗设备。
　　 医院现有多名硕士、博士研究生，拥有副高以上职称132人，省第六期、第七期“333”高层次人才第三层次培养对象各2人，省“科教强卫”工程青年医学人才1人。与此同时，医院不断坚持“科技兴院”发展战略，在努力做好精神卫生服务的同时，注重基础及临床研究，获得国家、省自然科学基金研究项目各1项，省、市科技进步奖和医学新技术引进奖等27项。经过不断建设发展，医院现有国家级质量认证学科1个（司法鉴定所）、省级临床重点专科1个（精神科）、市级临床重点专科3个（精神科、心理科、老年精神科），是司法部心理咨询培训基地和犯罪心理矫治培训基地。